大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，10月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？
本期小编一共为大家统计了74篇10月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有35篇！
影响因子15.0以上的文章
小编对部分单细胞测序文章进行了导读，希望给大家带来单细胞研究的新思路。
1
标题：Capillarycell-typespecializationinthealveolus
发表期刊：Nature
影响因子：43
DOI：10./s---7
摘要：在哺乳动物的肺中，每一个肺泡周围都环绕着一层均匀的毛细血管网，形成了广阔的呼吸表面，氧气通过它输送到血液中。本文使用单细胞分析来阐明肺泡毛细血管的内皮细胞类型和演变机制。研究结果显示肺泡毛细血管呈马赛克状与排列在肺泡内的上皮类似，肺泡内皮由两种混合的细胞类型组成，具有复杂的“瑞士奶酪”样形态和独特的功能。第一种细胞类型，称为“气体亲和型细胞”，专门用于气体交换和白细胞的运输，是肺部所特有的。另一种细胞类型称为gCap(“普通”毛细血管)，专门调节血管舒缩张力，在毛细血管稳态和修复中起着干/祖细胞的作用。这两种类型的细胞由多能祖细胞发展而来，逐渐成熟，并在疾病和衰老过程中受到不同的影响。这种特化的细胞类型在小鼠和人类的肺之间是保守的，但在鳄鱼和海龟的肺中没有发现，这表明它是在哺乳动物肺的进化过程中出现的。肺泡毛细血管中特化的细胞类型的发现，帮助我们了解在健康、疾病中气-血液屏障和气体交换的结构和功能。
2
标题：Microglia-organizedscar-freespinalcordrepairinneonatalmice
发表期刊：Nature
影响因子：43
DOI：10./s---6
摘要：哺乳动物的脊髓损伤被认为触发瘢痕形成并且伴随轴突再生困难。而文中研究表明新生小鼠的脊髓挤压损伤导致无疤痕愈合，允许长轴突通过病变生长。新生小鼠中小胶质细胞的缺失破坏了愈合过程，阻碍了轴突的再生，这表明小胶质细胞对于协调损伤反应至关重要。通过单细胞RNA测序和功能分析，文中发现新生儿小胶质细胞被短暂激活，在无疤痕愈合中有两个关键作用。首先，它们分泌纤维连接蛋白及其结合蛋白，形成细胞外基质的桥梁，连接切断的脊髓末端。其次，新生小胶质细胞表达几种胞外和胞内肽酶抑制剂，以及参与炎症反应的其他分子。文中将接受肽酶抑制剂治疗的新生小胶质细胞或成年小胶质细胞分别移植到脊髓损伤的成年小鼠，结果两种类型的小胶质细胞都能显著改善愈合和轴突再生。总而言之，该研究揭示了新生儿小鼠脊髓损伤后几乎完全恢复的细胞和分子基础，并提出了促进成年哺乳动物神经系统无疤痕愈合的肽酶抑制剂治疗策略。
3
标题：Thecellularbasisofdistinctthirstmodalities
发表期刊：Nature
影响因子：43
DOI：10./s---8
摘要：液体摄入是一种先天生理行为，主要由两种不同类型的口渴引起。一种是血液渗透压的增加诱导渗透口渴，驱使动物消耗纯水。相反地，体液的流失会引起低血容量性口渴，在这种情况下，动物需要水和矿物质(盐)来恢复血容量。终板室周器官是感知两种类型口渴刺激的关键部位。然而，不同的口渴模式是如何在大脑中编码的仍然不清楚。在这里，文中通过使用单细胞RNA测序分析受到刺激后各细胞类型的基因表达图谱来揭示不同类型口渴的细胞底物。这些研究揭示了在室周器官结构中存在着不同类型的兴奋性和抑制性神经元。文中表明，在渗透压和低血容量压力下，这些独特组合类型的神经元被激活。这些结果阐明了构成不同口渴模式的细胞逻辑。此外，口渴型特异性细胞类型的光遗传操控再现了由两种不同的双源性刺激引起的水特异性和非特异性液体偏好。总而言之，这些结果表明口渴是一种多模式的生理状态，而不同的口渴状态是由哺乳动物大脑中的特定神经元类型介导的。
4
标题：Behavioralstatecodingbymolecularlydefinedparaventricularhypothalamiccelltypeensembles
发表期刊：Science
影响因子：42
DOI：10./science.abb
摘要：大脑通过不同的神经元服从系统编码行为，而神经元服从系统的分类有赖于基因的特异性表达。由于测量来自同一细胞的神经动力学和分子信息是富有挑战的，分子信息对神经编码的贡献尚不清楚。文中开发了通过记录体内单个神经元细胞钙动力学，并进行基因表达分析的CaRMA(钙和RNA多路活性)成像系统。文中同时监测了小鼠下丘脑室旁(PVH)数百个神经元的活动。细胞类型标记基因的表达组合对11种行为状态的神经元反应具有预测能力。PVH通过分子定义神经元群体的组合装配来进行生存分组集成编码行为。文中的结果表明，分子基因的表达模式是预测脑神经元功能的重要依据。
5
标题：ChromatinpotentialidentifiedbysharedsinglecellprofilingofRNAandchromatin
发表期刊：Cell
影响因子：39
DOI：10./j.cell.2.09.
摘要：细胞的分化和功能依赖于多个层次的基因调控，其中包括通过改变染色质开放性来调节基因表达。然而，分化是一个非同步的过程，对细胞命运调控的生物学事件发生的先后顺序是值得探索的。在这里，文中开发了基于单个细胞水平研究的SHARE-seq技术，该技术以高度可伸缩的方法来测量染色质开放性和单个细胞水平上的基因表达。使用从小鼠皮肤分离得到的34,个细胞，文中开发了一个计算策略来识别顺式调控的相互作用和定义调控领域的染色质(DORCs)。文中发现，DORCs区域染色质开放性先于基因表达，这表明染色质开放性的改变可能为细胞谱系命运提供基础。因此，文中提出了一种染色质潜力计算策略来量化染色质启动和预测细胞命运的结果。总而言之，SHARE-seq技术提供了一个可扩展的平台来研究组织内不同细胞间的调节通路。
6
标题：Characteristicsofanti-CD19CARTcellinfusionproductsassociatedwithefficacyandtoxicityinpatientswithlargeBcelllymphoma
发表期刊：NatureMedicine
影响因子：36
DOI：10./s---7
摘要：以CD19为靶点的自体嵌合抗原受体(CAR)T细胞治疗对大B细胞淋巴瘤(LBCLs)具有很高的疗效，但能够长期缓解病情的患者数量较少，且预后不良如诱发免疫效应细胞相关神经*性综合征(ICANS)，使该疗法在临床应用方面还存在巨大的挑战。本文对24例使用抗CD19CAR-T细胞治疗的LBCL患者进行单细胞RNA测序（scRNA-seq)。研究发现在3个月里病情得到完全缓解的患者，其表达记忆特征的CD8T细胞的频率比部分缓解或病情严重的患者高出3倍。治疗后第7天通过细胞游离DNA测序测定的分子反应与临床反应显著相关，而CD8T细胞衰竭的信号与较差的分子反应相关。此外，具有单核细胞样转录特征的罕见细胞群与ICANS高度相关。研究表明，CAR-T细胞输液后患者体内产生的细胞和分子的异质性导致了疗效和*性的差异，而第7天的分子反应可作为CAR-T细胞疗效的早期预测因子。
7
标题：Single-CellTranscriptomeAnalysisRevealsDynamicCellPopulationsandDifferentialGeneExpressionPatternsinControlandAneurysmalHumanAorticTissue
发表期刊：CIRCULATION
影响因子：24
DOI：10./CIRCULATIONAHA..
摘要：升主动脉瘤(ATAA)是由主动脉壁逐渐变弱和扩张引起的，为了解ATAA的发病机制。本文对8名ATAA患者和3名健康人的升主动脉组织进行了单细胞RNA测序分析（scRNA-seq)，鉴定出11种主要的细胞类型：平滑肌细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞等。与健康人组织相比，ATAA的组织中非免疫细胞较少，免疫细胞较多，尤其是T淋巴细胞。差异基因表达数据也提示ATAA组织中存在大量的线粒体功能障碍，此外还发现红细胞特异性转化相关基因(ERG)在维持主动脉正常功能方面发挥着重要作用。本研究为升主动脉细胞的组成提供了全面信息，并揭示了人类ATAA组织中基因表达景观改变的机制，对攻克ATAA做出了重要的贡献。
8
标题：Single-cellpatterningandaxischaracterizationinthemurineandhumandefinitiveendoderm
发表期刊：CellResearch
影响因子：21
DOI：10./s---0
发表时间：2.10
摘要：定义明确的内胚层祖细胞对于理解呼吸和消化器官的发育机制是至关重要的，然而内胚层祖细胞的发育模式仍未探索。该研究对小鼠和人的内胚层细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq)，定义了四个主要的内胚层区域(前肠、前肠门唇、中肠和后肠)及其发育途径。确定了每个区域的细胞亚群及其空间分布。结果显示胰腺的背侧和腹侧祖细胞似乎起源于中肠群，并通过不同的发育途径成为相同的细胞类型。本文描述了人类内胚层中的一般保守模式，全面地定义了单细胞内胚层发育模式，为了解内胚层的发育轨迹提供了新的见解。
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